De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het kiezen van een enkele hoofdrolspeler de algehele ervaring niet aanzienlijk zal beïnvloeden. De game bevat twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai, een keuze die de discussie voor de release heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat de focus op één personage kan leiden tot het missen van cruciale plotpunten of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen en beschreef zijn eigen evenwichtige aanpak: "Ik schakel tussen personages, misschien 3-5 uur met de ene, dan 2-3 met de andere."
Dumont verduidelijkte echter dat het prioriteren van één personage de voortgang van de speler niet zal belemmeren. Terwijl elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen beschikt, past het spel dynamisch aan aan de voorkeur van de speler. Hij moedigt spelers aan om hun instincten te volgen: "Je zult niet veel missen. Het hangt af van je speelstijl. Experimenteer met karakterselectie en kijk hoe het spel zich aanpast. Elk heeft unieke introducties en missies, maar de kernervaring blijft flexibel. Speel je favoriet ; het verhaal zal volgen. "