El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no afectará significativamente la experiencia general. El juego presenta dos personajes jugables: Naoe, una shinobi femenino y Yasuke, un samurai africano histórico, una elección que ha generado una discusión previa a la liberación.
Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a faltar puntos de trama cruciales o juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Cambio entre personajes, tal vez 3-5 horas con uno, luego 2-3 con el otro".
Sin embargo, Dumont aclaró que priorizar a un personaje no obstaculizará el progreso del jugador. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, el juego se ajusta dinámicamente a la preferencia del jugador. Él alienta a los jugadores a seguir sus instintos: "No se perderás mucho. Depende de tu estilo de juego. Experimente con la selección de personajes y vea cómo se adapta el juego. Cada uno tiene introducciones y misiones únicas, pero la experiencia central sigue siendo flexible. Juega tu favorito ; la narración hará lo mismo ".