Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur l'expérience globale. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à manquer des points de tracé cruciaux ou un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: "Je bascule entre les personnages, peut-être 3-5 heures avec l'un, puis 2-3 avec l'autre."
Cependant, Dumont a précisé que la priorisation d'un personnage ne gênera pas les progrès du joueur. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le jeu s'adapte dynamiquement à la préférence du joueur. Il encourage les joueurs à suivre leur instinct: "Vous ne manquerez pas beaucoup. ; le récit emboîtera le pas. "