Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sull'esperienza complessiva. Il gioco prevede due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato discussioni pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a punti di trama cruciali o gameplay. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: "Passo da un personaggio, forse 3-5 ore con uno, quindi 2-3 con l'altro".
Tuttavia, Dumont ha chiarito che la priorità di un personaggio non ostacola i progressi del giocatore. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, il gioco si adatta dinamicamente alla preferenza del giocatore. Incoraggia i giocatori a seguire i loro istinti: "Non ti perderai molto. Dipende dal tuo stile di gioco. Sperimenta la selezione dei personaggi e guarda come il gioco si adatta. Ognuno ha presentazioni e missioni uniche, ma l'esperienza principale rimane flessibile. Gioca il tuo preferito ;